WinSCP est également très pratique, aussi bien pour le FTP que pour la connexion en console SSH au serveur distant. Il permet d'utiliser certaines commandes à distance directement via un simple clic droit (ex: Tar, Untar, Grep, exécution d'un script...)
PhpStorm est un excellent logiciel de programmation web, une fois maîtrisé il est excellentissime et on ne peut plus s'en passer ! Le seul soucis, c'est son prix...
En logiciel gratuit, je recommanderai Sublime Text qui possède une base de plugins absolument monstrueuse.
Pour les débutants, il serait intéressant de créer une machine virtuelle pour programmer et mettre en place directement son serveur d'hébergement. Cela demande de la pratique mais il peut toujours être intéressant de savoir mettre en place un petit serveur debian 8 avec la technologie qu'il y a derrière !